El cóndor andino se encuentra distribuido a lo largo de la Cordillera de los Andes, desde el sur de la Tierra del Fuego (Argentina y Chile) hasta el occidente de Venezuela. Uno de sus mayores hábitats se encuentra en el Cañón del Colca (siendo también uno de los mayores destinos turísticos del Perú) en la Provincia de Caylloma, Arequipa, en el sur del Perú. Sin embargo, las poblaciones registradas en Perú, Ecuador y Bolivia tienden a disminuir
La familia Cathartidae está representada en la actualidad por siete especies americanas (del Hoyo et al. 1994): los dos cóndores (Vultur gryphus y Gymnogyps californianus) y cinco jotes (Coragyps atratus, Cathartes aura, Cathartes burrovianus, Cathartes melambrotus y Sarcoramphus papa). El Cóndor Andino y los jotes están presentes en Argentina, aunque el Jote Cabeza Amarilla Grande (Cathartes melambrotus) posee escasas observaciones para este país (Mazar Barnett y Pearman 2001). El orden al que pertenece esta familia ha sido motivo de discusión. Comparten características morfológicas y de comportamiento con los buitres del Viejo Mundo, lo que ha llevado a que se los clasifique dentro del orden Falconiformes. No obstante, estudios paleontológicos, morfológicos y genéticos han encontrado una relación más estrecha de estas especies con las del orden Ciconiiformes (e.g., Fisher 1942, Amadon 1977, Sibley et al. 1988, Avise et al. 1994). Debido a esto, en los últimos tiempos se los ha incluido dentro de ese orden (e.g., König 1982, Emslie 1988, Ferguson-Lees y Christie 2001). Sin embargo, la filogenia de esta familia aún sigue en discusión (ver, por ejemplo, Ericson et al. 2006).
El Cóndor Andino fue declarado en peligro de extinción por el Servicio de Pesca y Vida Silvestre de los Estados Unidos (USFWS 1986). Actualmente está considerado a nivel mundial cercano a la amenaza y listado en el Apéndice I de CITES (BirdLife International 2004, IUCN 2004). Está considerado amenazado en Perú, se encuentra en estado crítico en Ecuador y está declarado en peligro de extinción en Colombia y Venezuela (Lieberman et al. 1993, Cuesta 2000, Koenen et al. 2000). En este último país ha llegado casi a la extinción total y, por varios años, solo hubo registros esporádicos (ver Calchi y Viloria 1991). Se conoce muy poco acerca del estado poblacional del Cóndor Andino en Bolivia (Ríos-Uzeda y Wallace 2007) y es considerado vulnerable en Chile (Glade 1988). Si bien en Argentina no se la ha categorizado a nivel nacional, se ha propuesto que es una especie insuficientemente conocida (Chebez 1999).